首先，一句话概括：
耶路撒冷能够成为三教圣城的最主要原因当然是它独一无二的历史进程；而它之所以仍然被尊奉至今，而不是像历史上其他五花八门的许多“圣地”一样烟消云散或者只剩残骸，则是和近一个世纪的政治格局分不开的。
这么排耶路撒冷的历史分期也许能把问题说得清楚一点 （括号内是该时期城市中最强大的宗教势力）：
1.圣殿时期 （犹太教）
最开始耶路撒冷所在的地方就是一个小村庄，后来因为它在迦南地区（Cannan，也就是今天的巴勒斯坦地区）的地理优势——向西可以俯瞰从埃及到小亚细亚/美索不达米亚的地中海沿岸商路，向东可以监视该地区最重要的水源约旦河——而被当地的土著人建成一个小型要塞。
根据希伯来圣经（也就是基督教圣经的旧约）的记载，逃出埃及的犹太人在与当地人混战了许久之后，终于在领袖大卫的带领下打下了这座要塞，并将犹太王国定都于此。大卫把犹太教最重要的宝贝约柜（Ark of the Covenant）运到了这里，并开始了正儿八经的城市建设。可惜上帝不爽他的许多举动（比如睡自己将军的老婆blablabla），所以修建圣殿的荣耀最后归到了他的儿子所罗门的头上，而圣殿的兴建也奠定了耶路撒冷在犹太教徒心目中的地位。
所罗门挂了之后，因为历史遗留问题（和当初划分雅各/以色列的12部落有关，太长了有机会再讲），犹太王国一分为二，然后各种兄弟阋墙-_-…然后大家都可以猜到了，在古代近东那个大帝国此起彼伏的地方，一个小国还玩分裂简直就是no zuo no die。。。总之最后耶路撒冷被新巴比伦王尼布甲尼撒二世攻破，圣殿被毁，一大帮子犹太精英被掳到了巴比伦，也就是著名的巴比伦之囚。
后来新巴比伦又被波斯帝国灭掉（出来走总是要还的。。。），波斯国王允许犹太人返回耶路撒冷，所以一部分犹太人又跑回去（还有一部分人觉得巴比伦挺好的，毕竟在当时是个像今天纽约一样的国际化大都市），重修了圣殿，又被称为第二圣殿。
再之后就是希腊化了的马其顿人，在性向至今不明的美男子亚历山大大帝的率领下，又把波斯人给打跑了（again出来走迟早是要…），希腊人觉得犹太人的一神信仰太土里土气了，比高大上的希腊哲学和众神谱系差远了（骄傲得太早了亲。。。），就各种为难犹太人（逼着吃猪肉啥的），犹太人不爽了就发动了小有名气的马卡比起义（今天以色列的各种运动队还都喜欢起这个名字），打跑了希腊人，在独立建国的同时也维护了他们眼中圣殿的纯净。
2. 耶稣传教与罗马帝国统治后期（基督教）
后来耶路撒冷及周边的统治权落到了希律王的手中，他是一个口口声声说自己是犹太人但其实比罗马人还更像罗马人的以东人（真绕。。。），并且是凯撒的好基友（还救过凯撒一命）。所以名义上犹太人还掌握着耶路撒冷，实际上罗马人想当占领军是分分钟的事。根据圣经新约（希伯来圣经当然是没有这一段的）记载，耶稣就是出生在希律王的统治时期。
耶稣的事情就不多讲了，大家可以去看圣经，上面写得很多——当然至于耶稣的原意是想改良犹太教还是创立一个新宗教是个见仁见智的问题了。总之对于基督徒来说很重要的一点是耶稣最后被钉死在了耶路撒冷，又在此地复活，并被预言还将在末日来临时重返耶路撒冷。其生前走完的最后一段路（又称“苦路”）以及死去及复活的地方（今天的圣墓教堂所在地），至今仍然吸引着众多的基督徒前往瞻仰。
回头来说耶路撒冷的犹太人与罗马人的关系。简单说就是犹太人觉得生活处处受制于罗马人很不爽了，想复制一次马卡比起义，当然他们没想到自己的战斗力搞定战力渣五的希腊文青也就差不多了，搞罗马人完全是自寻死路，于是被横扫。而且更悲剧的是，尽管有记载显示罗马统帅提图斯（后来成为罗马皇帝）下令维护圣殿，但是犹太人的第二圣殿还是被杀得兴起的罗马士兵给一把火烧掉了。在哈德良做皇帝的时候，罗马人彻底忍不了城中犹太人没完没了的反抗，干脆把耶路撒冷整个儿铲平了，犹太人也就开始大流散（Diaspora）。
再后来，罗马帝国改立基督教为国教（又是一个相当漫长的争斗过程），所以对这座城市开始了比较系统的改造（改造你个头，其实都被你毁得啥都不剩了，完全重修好了），使之变成了一座基督教城市。后来帝国东半边领土的继承者拜占庭帝国（也就是东罗马帝国）从上到下都是基督徒，当然对耶路撒冷的建设也比较上心（圣墓教堂就是在这个时候修建的）。
3. 阿拉伯帝国崛起与扩张 （伊斯兰教）
之后耶路撒冷及周边地区一直处于拜占庭与波斯的萨珊王朝的来回拉锯之中，直到时间来到了公元7世纪，这个时候穆罕默德在阿拉伯半岛崛起并创立了伊斯兰教，并且在传教早期穆罕穆德规定了穆斯林的朝拜方向为耶路撒冷（后来才改成今天的麦加）。至于穆罕穆德有没有真的到过耶路撒冷一直是宗教间一个吵来吵去的问题，按下不表。不过在伊斯兰教的经典圣训（hadith）中，穆罕穆德不仅去过耶路撒冷，还在城中遇见了众位先知（伊斯兰教承认摩西、基督等人都是先知，不过穆罕穆德是封印先知，也就是最后也是最牛的一位），并且在登霄石上（也就是在圣殿山上）一夜登上云霄然后回到麦加。所以耶路撒冷在穆斯林心目中的地位也是相当神圣，仅次于穆罕穆德常年生活战斗过的麦加与麦地那了。
在穆罕默德之后，穆斯林在四大正统哈里发的率领下开始了波澜壮阔地横扫欧亚非三大洲的历程，并且在公元638年攻占了耶路撒冷。
打下耶路撒冷的时候穆斯林世界的领袖是第二任正统哈里发奥马尔（Umar ibn Al-Khattāb），阿拉伯史学家认为这位穆罕穆德的亲密战友在城破之后第一时间来到了耶路撒冷，在圣殿山上新建了一座小型祷告室并进行了朝拜，用几滴清泪缅怀了当年教自己如何做人与砍人的大哥穆罕穆德一夜登霄的丰功伟绩。而在将近半个世纪之后，伍麦叶王朝的第五任哈里发阿卜杜勒·马利克在前人的基础上在圣殿山开建了著名的——并且让后世打得不可开交的——圆顶清真寺（The Dome of the Rock）和阿克萨清真寺（Al-Aqsa Mosque）。 （有兴趣的同学，可以读读Kanan Makiya教授写的历史小说《The Rock》）
而在四大正统哈里发之后的伍麦叶与阿巴斯两个王朝统治时期，虽然无法与大马士革、巴格达和开罗这样的政治军事重镇相媲美，但是耶路撒冷一直得到了良好的发展。更为重要的是，穆斯林的统治者在这段伊斯兰的上升时期展现出了让今人叹为观止的道路自信、理论自信和制度自信（嗯三个自信。。。），一直允许犹太人返回耶路撒冷居住和朝拜——要知道在此前的几百年间，信封基督教的筒子们是坚决反对犹太人返回这里的。
4. 十字军东征 （基督教）
可惜各个宗教和谐共存这档子好事总是不能长久，在阿巴斯王朝分崩离析之后，来自埃及的法蒂玛王朝统治了这个区域。法蒂玛王朝不仅没有完成如伍麦叶和阿巴斯王朝那样的大一统成就，偏偏这个王朝的第六任哈里发哈基姆（Al-Hakim bi Amr Allāh）有个性有想法，为了争夺穆斯林世界的正统地位经常会做出一些出格的事情，开始放弃之前宗教宽容政策，残酷迫害犹太人和基督教徒，最离谱的是在1033年把耶路撒冷城内的所有教堂（包括基督徒的心头宝圣墓教堂）拆得一干二净——这件事也被认为是十字军东征的诱因之一。
终于说到十字军了，呼。。。十字军的起源主因当然是各个历史学家各执一词，有人认为是因为西欧的骑士和农民想空手套白狼不再过苦日子，有人说是因为拜占庭帝国干不过塞尔柱人想拉点雇佣兵替自己当垫背去死，当然也有人主张是之前法蒂玛王朝的迫害正好给了罗马教庭收复圣地的好借口。。。无论如何，就像我们小学时代兴高采烈的春游秋游，让广大西欧人们大开眼界的第一次十字军东征反正是走成了。
这一波十字军在一路上干的那些屁事我就不提了，反正是各种刷新下限。。。而最骇人听闻的莫过于1099年十字军攻破耶路撒冷之后进行的大屠杀。当时的情况基本是，只要你是穆斯林或者犹太人，反抗，杀；投降，杀；如果一群人躲进了清真寺或者犹太教堂，十字军就懒得麻烦直接把房子给烧了。。。十字军当年杀得这么辛苦，完全没有考虑到后世的基督教教士者给他们洗地也洗得很辛苦啊，这个按下不表了。。。
杀归杀，正常日子还是要过的。既然打着上帝的旗号而来，还愿是必须的。被毁坏的教堂基本都被重建，不仅圣墓教堂的规模更是有增无减，就连圣殿山上的圆顶清真寺和阿克萨清真寺都被converted成基督教场所了（想想后来索菲亚大教堂被改成清真寺你就会明白随着历史的发展大家都慢慢觉得拆了建新的太麻烦了。。。）。上帝的归上帝之后，世俗的政权建设当然也不能落下，十字军们很快建立了埃德萨伯国、安条克公国、耶路撒冷王国和黎波里伯国四个“十字军国家”。而后来名满天下让无所历史小清新心驰神往的圣殿骑士团和医院骑士团也在这一时期诞生，虽然主要任务是保护基督徒在朝圣之路上的安全，但是打家劫舍的活其实也一直没少接。
正当十字军横行之时，一位穆斯林世界不世出的伟大英雄终于登上了历史的舞台。他的名字——做好心理准备亲——叫做萨拉丁·优素福·本·阿尤布·本·沙迪·本·马尔旺·艾勒-阿尤比（Ṣalāḥ-al-Dīn Yūsuf bn Ayūb bn Shādī bn Marwān al-Ayūbī）。。。。虽然他的队友和敌人都很尊敬他，不过鉴于喊完他的全名基本上仗都打完了，所以大家还是更喜欢直呼他为萨拉丁。后世的人们对于萨拉丁有很多误读，比如认为他是阿拉伯人，但其实他是一位库尔德人（想想后来的萨达姆可以一边说自己是20世纪的萨拉丁一边疯狂的屠杀库尔德人，真心觉得这心理素质太过硬了。。。）；又比如想象他百战百胜，但其实在1177年的蒙吉萨战役中，萨拉丁的三万大军被人数仅有自己十分之一的十字军被打得丢盔弃甲。但是君子报仇这档子事嘛。。。在十年之后的1187年，萨拉丁在哈丁地区取得了决定性的胜利，不仅俘虏了耶路撒冷国王和圣殿骑士团团长，而且很快收复圣城耶路撒冷。更重要的是，萨拉丁入城之后不仅不杀俘虏（虽然他也勒索了一些小钱钱。。。），而且还重新把耶路撒冷向所有宗教的朝圣者敞开大门，通过对照一下子就把十字军的道德操守打到了海平面以下。。。（有兴趣的话可以看看大导演Ridley Scott的《天国王朝》，帅哥布鲁姆演得好的电影真心不多，难得这部算是其中之一了：P）
5. 混战及之后奥斯曼帝国的统治 （伊斯兰教）
但是萨拉丁也无法给耶路撒冷带来持久的和平，很快十字军卷土重来，狮心王理查和萨拉丁在耶路撒冷城外展开了震古烁今的连番会战，最后打了个平手，两人英雄相惜，于是郑重决定——各回各家各找各妈-_-。之后的三百来年，耶路撒冷不断易手，比较有名的经手人包括了从生到死一直奇葩的神圣罗马帝国、被蒙古人打得到一路向西的花剌子模、以及埃及奴隶骑兵集团马木鲁克。。。直到1517年，新崛起的奥斯曼帝国攻占了耶路撒冷，这个苦难的城市终于可以有喘息的机会了。
奥斯曼统治下的耶路撒冷经历了缓慢的复兴，比如苏莱曼大帝就重建了圆顶清真寺和城墙，他还曾经非常天真地认为，如果封闭了传说中耶稣/弥赛亚在世界末日进入耶路撒冷的金门，耶稣/弥赛亚就进不了城，那么基督教和犹太教教义中的世界末日就永远无法实现，大家就只能皈依伊斯兰教了（耶稣：“大哥你是在开玩笑对吧？”） ——所以今天如果大家去参观金门，就会发现那里依然被砖瓦封堵着。。。虽然这几百年之间趣闻轶事一箩筐，但是身处伊斯坦布尔的帝国统治者们对耶路撒冷的兴趣一直也算不上特别浓厚，所以当欧洲国家开始步入近代化社会的时候，对东方充满好奇的探险者和传教士们可以毫无限制地进出这座城市。
而真正改变这座城市今后命运的，是此时在东欧愈演愈烈的反犹主义。先是信奉正统犹太教、相信弥赛亚救赎的宗教人士大量涌入耶路撒冷慢慢地改变了这座城市的人口比例，之后，随着犹太复国主义的诞生，越来越多年轻的东欧犹太人也来到了巴勒斯坦地区。在奥斯曼土耳其人的统治下，当地的阿拉伯人还能在一定程度上与新来的犹太移民保持着相对良好的关系（反正大家都是被统治阶级，再加上犹太人口占整个地区人口的比例还是相对较小）。但随后在第一次世界大战期间，英法联军几经周折终于干翻了奥斯曼帝国，成功进入耶路撒冷。英国人两面三刀向所有人疯狂许诺，既点燃阿拉伯人与犹太人希望民族自决的火光，也点燃了20世纪阿以冲突的导火索。
6. 现代以色列 （犹太教）
从第一次世界大战之后一直到1948年，英国在巴勒斯坦地区实行的一直是委任统治，而从伦敦派过来的高级专员的所在地就位于耶路撒冷。正是在这个时期，耶路撒冷老城内部的四大居民区正式成型，简单来说，就是穆斯林靠着圣殿山和圆顶清真寺，犹太人靠着哭墙/西墙，大部分基督徒靠着圣墓教堂，而被挤到一边的亚美尼亚基督徒则靠着锡安门（至于为什么亚美尼亚基督徒和其他基督徒玩不到一块儿，我们有机会再讲。。。）
值得注意的是，尽管这个时候一波又一波的欧洲犹太人移居巴勒斯坦地区，大部分人都没有选择定居在耶路撒冷。究其原因，一方面是因为这一时期许多世俗的犹太复国主义者们都有着社会主义的倾向，他们崇尚体力劳动与亲近土地，力图摆脱传统意义上集聚于城市里、以放高利贷和商贸为生的传统欧洲犹太人形象，而就算那些愿意享受城市生活的年轻人，也情愿建设和生活在特拉维夫这样的现代化沿海城市；而另一方面是因为耶路撒冷老城里真的是挤得一塌糊涂了，再不加速开发新城，实在是没办法塞更多的人进去了。。。不过话说回来，耶路撒冷在这群犹太移民中心里依然有着崇高的地位，因为这座城市毕竟寄托着他们对祖上独立与辉煌的追思，而这一点也在欧洲犹太人开始惨遭纳粹大屠杀之后愈发凸显。
就这样时间走到了1948年，英国人被二战彻底整伤了筋骨，开始了全球范围内的大撤退。不过在匆忙跑路的同时，英国人还是动了脑筋，心里盘算着将巴勒斯坦地区划分为三块，阿拉伯人和犹太人各占一块，而耶路撒冷交给联合国，也就是国际社会共同管辖。 你要是觉得这里面没有夹私货就太naive了。。。联合国是什么东东，没有安理会它就是放大版的国联。。。而安理会的常任理事国都是谁？人尽皆知的五大流氓啊！这五个流氓里面除了我兔，另外四个都是以基督教立国，这个方案表面上谁都不得罪，实际上对犹太人和穆斯林的不信任真的是溢于言表啊亲！居然还整天有人说近代社会以来从基督徒们已经淡看圣城归属。。。而且不出所料，这个方案的微修版真的就被联合国通过了。
阿拉伯人和犹太人当然不会买账，于是英国人前脚刚走他们俩后脚就热火朝天开干了，鬼才愿意把耶路撒冷交给什么国际社会来管。。。但是犹太人聪明就聪明在他们表面上同意了联合国的方案（真的是凡事留一线，日后好相见），以履行联合国决议的身份成立了以色列国，然后转身和阿拉伯人继续干架，也就是历史书上的第一次中东战争。虽然从整场战争来着，阿拉伯联军吃了亏，不仅巴勒斯坦国没有建成，而且以色列的实际控制区域反而越打越大了。。。但是单就耶路撒冷而言，隶属约旦的阿拉伯军团却没让以色列占到什么便宜，成功地把犹太人都赶出了老城，犹太人只能勉强守住了老城西面的新城。于是待到1949年正式停火时，耶路撒冷在以色列和约旦手中分治的局面得以形成。
接下来了20年，耶路撒冷的东西两边基本处于老死不相往来的状态之中，这一点直到1967年的第三次中东战争得以打破。一直举棋不定、不知该和以色列战好还是和好的约旦国王被埃及总统纳赛尔忽悠，决定对以宣战。。。其实这时埃及已经被以军打爆，结果导致约旦军队被腾出一只手来的以色列吊打。。。耶路撒冷全城落入以色列手中，正式重新统一。
统一后的耶路撒冷基本上保持了对各种宗教的开放，当然作为穆斯林首先如何进入以色列是个大问题。。。而因为担心激化矛盾，以色列政府也规定犹太人一般情况下不得登上圣殿山顶部，以免他们在阿克萨清真寺和圆顶清真寺附近和穆斯林发生冲突。到了1979年，以色列与埃及签署和平协议归还1967年占据的西奈半岛。可以算作是对国内反对声音的补偿，1980年以色列国会决定通过“耶路撒冷基本法”，宣告一个完整和统一的耶路撒冷将永远是以色列国的首都。随后，联合国安理会（好了，大流氓们要出场了）通过478号决议，不承认以色列的耶路撒冷法，并呼吁联合国会员国执行理事会的决议，从耶路撒冷撤出外交使团。。。
基本上，从耶路撒冷重新统一以来，以色列政府就加大了对耶路撒冷的投资和建设力度，耶路撒冷市政府管辖范围内的犹太定居点数目和人口一直在稳定增长——按照巴勒斯坦方面的说法就是“耶路撒冷犹太化”。1967年以来的耶路撒冷，如果没碰上严重的巴以冲突，旅游者会发现一个令人愉悦的耶路撒冷，新城现代而繁华，老城宁静而多元——基督教、犹太教和伊斯兰教的信徒都可以找到属于自己的朝圣地。但是如果一旦矛盾激化，耶路撒冷立马就会成为冲突最为激烈的焦点之一。奥斯陆和平谈判最终以崩盘收场，使得一个和谐与安全的耶路撒冷成为了一个愈发遥不可及的梦。